Los Aiguamolls del Empordà es una de las marismas más importante de Cataluña, junto con la del Delta del Ebro. El conjunto de humedales que lo forman se han creado a finales de los ríos Muga y Fluvià, en el Alt Empordà, y del Ter y el Daró, en el Baix Empordà.
En la llanura del Alt Empordà se diferencian dos dominios fluviales: la llanura del Muga, al norte, y el bajo Fluvià, al sur.